Систем за чишћење индустријских отпадних вода је робусно пројектован систем прилагођен специфичним и често тешким отпадним токовима које генеришу индустријски произвођачи и прерадни процеси. За разлику од релативно константних комуналних отпадних вода, индустријске отпадне воде могу се знатно разликовати по физичким и хемијским карактеристикама, садржећи високе концентрације масти, уља, мазива, тешких метала, растварача, екстремних нивоа pH и повишене температуре. Стога систем за чишћење није производ са готовим решењем, већ прилагођено инжењерско решење. Избор материјала је најкритичнији аспект, који се бира како би отпорно деловао на специфичну хемијску смешу и абразивност таложених чврстих материја. За фабрику прераде хране, скрепер направљен од полимера у складу са FDA стандардом и отпоран на корозију ефикасно управља масним муљем. У рударству, потребан је систем са додатно отпорним компонентама на абразију ради руковања минералним ресидуалима. Дизајн мора такође узети у обзир могућност стварања наслага, застоја и потребу за лаким процедуром чишћења на месту (CIP). Поузданост система за чишћење индустријских отпадних вода директно је повезана са способношћу производног објекта да ради непрекидно и испуњава захтеве за заштиту животне средине. Квар може довести до заустављања производње и значајних казни од стране надзорних органа. Стога је сарадња са произвођачем који има искуство у широком спектру индустријских примена од суштинског значаја за избор правилног система.