Trajtimi sekondar i ujërave të ndotura është faza biologjike e procesit të pastrimit, pas trajtimit parësor. Qëllimi i tij është heqja e lëndës së organizuar të tretur dhe kolloidale që mbetet pas sedimentimit. Kjo arrihet kryesisht përmes përdorimit të mikroorganizmave (bakterie, protozoa) që konsumojnë si ushqim ndotësit organikë. Teknologjitë e zakonshme përfshijnë procese të aktivuar të ashpërsisë, filtra me rrjedhje të ngadalshme, kontaktorë rotullues biologjikë (RBCs) dhe reaktorë me grumbullim serik (SBRs). Shëndeti dhe efikasiteti i këtyre ekosistemeve biologjike varen plotësisht nga cilësia e ajrit të pranuar nga stadi i parë i trajtimit. Pikërisht këtu ekziston lidhja kritike me sedimentimin parësor. Nëse klarifikuesi parësor nuk arrin të heqë një sasi të mjaftueshme të trupave të paluara, këta do të përfundojnë në bioreaktorët e trajtimit sekondar. Kjo mund të çojë në ngarkesë të tepërt të masës biologjike, rritje të kërkesës për oksigjen, vendosje të dobët në klarifikuesit sekondarë dhe, në fund, dështim në arritjen e synimeve të heqjes së kërkesës biokimike të oksigjenit (BOD). Skrapërat jo-metale të bëra nga Huake luajnë një rol tërthor, por të rëndësishëm, në mbrojtjen e trajtimit sekondar. Duke siguruar që klarifikuesi parësor funksionon në efikasitet maksimal përmes heqjes së besueshme dhe të vazhdueshme të ashpërsisë, teknologjia jonë ofron një furnizim të qëndrueshëm dhe me cilësi të lartë për fazën biologjike. Kjo i lejon mikroorganizmave të funksionojnë optimalisht, duke garantuar që procesi i trajtimit sekondar arrijë efikasitetin maksimal të heqjes së ndotësve dhe prodhojë një eflluent me cilësi të lartë, i përshtatshëm për pastrim të mëtejshëm ose derdhje.