Το σύστημα γραμμικής καθαρισμού της δευτεροβάθμιας δεξαμενής καθίζησης είναι ένα ακριβές εξάρτημα, κρίσιμο για τη διαδικασία της ενεργοποιημένης ιλύος. Η κύρια λειτουργία του είναι να διαχωρίζει προσεκτικά και να επιστρέφει τη βιολογικά ενεργό συσσωμάτωση (επιστρεφόμενη ενεργοποιημένη άργιλος, ή RAS) στη δεξαμενή αερισμού, ενώ ταυτόχρονα αφαιρεί την περίσσεια επεξεργασμένης ιλύος (απόβλητη ενεργοποιημένη άργιλος, ή WAS) για περαιτέρω επεξεργασία. Η βιολογική συσσωμάτωση σε αυτές τις δεξαμενές είναι ελαφριά και εύθραυστη· ως εκ τούτου, το σύστημα καθαρισμού πρέπει να λειτουργεί με μέγιστη προσοχή για να αποφευχθεί η διάτμηση των σωματιδίων της συσσωμάτωσης και η επαναϊώσεις τους στο απόρρευσμα, κάτι που θα είχε ως αποτέλεσμα υψηλή θολότητα και παραβίαση των άδειών. Οι μηχανισμοί καθαρισμού για κυκλικούς δευτεροβάθμιους διαυγανιστές σχεδιάζονται συνήθως με αργή, συνεχή περιστροφή και λεπίδες που έχουν προσεκτικά ρυθμισμένη γωνία για να ελαχιστοποιηθεί η διαταραχή. Σε μια μονάδα επεξεργασίας αστικών λυμάτων, η απόδοση αυτού του συστήματος συνδέεται άμεσα με την υγεία ολόκληρης της βιολογικής μονάδας επεξεργασίας. Ένα αξιόπιστο και καλά συντηρημένο σύστημα καθαρισμού διασφαλίζει σταθερή και υψηλής ποιότητας ροή RAS, διατηρώντας τον απαιτούμενο πληθυσμό μικροοργανισμών στη δεξαμενή αερισμού για αποτελεσματική διάσπαση της οργανικής ύλης. Αντίθετα, ένα ελαττωματικό σύστημα καθαρισμού μπορεί να οδηγήσει σε αποτυχία της διαδικασίας, συμπεριλαμβανομένης της απώλειας στερεών και της μείωσης της αποδοτικότητας της επεξεργασίας. Λόγω της κρίσιμης φύσης αυτής της εφαρμογής, οι συσκευές καθαρισμού της δευτεροβάθμιας δεξαμενής κατασκευάζονται για μέγιστη αξιοπιστία, συχνά με μη διαβρωτικά υλικά για να αντέχουν στο υγρό περιβάλλον και με σχεδιασμό που επιτρέπει τη συντήρηση χωρίς να αδειάζει η μεγάλη δεξαμενή.