Hệ thống cào bùn bể lắng thứ cấp là bộ phận chính xác, đóng vai trò then chốt trong quá trình bùn hoạt tính. Chức năng chính của nó là tách nhẹ nhàng và hoàn trả các cụm bông bùn sinh học hoạt tính (bùn hoạt tính hoàn trả, hay RAS) về bể khuấy trộn, đồng thời loại bỏ lượng bùn thặng dư đã qua xử lý (bùn hoạt tính thải, hay WAS) để xử lý tiếp. Các cụm bông bùn sinh học trong các bể này nhẹ và dễ vỡ; do đó, hệ thống cào phải vận hành hết sức cẩn trọng để tránh làm đứt gãy các hạt bông keo và khiến chúng tái lơ lửng vào dòng ra, điều này sẽ dẫn đến độ đục cao và vi phạm quy chuẩn xả thải. Cơ chế cào cho các bể lắng tròn thứ cấp thường được thiết kế với chuyển động quay chậm liên tục và các lưỡi cào được định góc cẩn thận nhằm giảm thiểu sự xáo trộn. Trong nhà máy xử lý nước thải đô thị, hiệu suất của hệ thống này có mối liên hệ trực tiếp với trạng thái hoạt động của toàn bộ đơn vị xử lý sinh học. Một hệ thống cào tin cậy và được bảo trì tốt đảm bảo dòng RAS ổn định và chất lượng cao, duy trì mật độ vi sinh vật cần thiết trong bể sục khí để phân hủy hiệu quả chất hữu cơ. Ngược lại, một bộ cào hoạt động sai có thể dẫn đến sự cố toàn bộ quá trình, bao gồm hiện tượng cuốn trôi chất rắn và suy giảm hiệu quả xử lý. Do tính chất then chốt của ứng dụng này, các bộ cào bể thứ cấp được chế tạo nhằm đảm bảo độ tin cậy tối đa, thường sử dụng vật liệu không gỉ để chịu được môi trường ẩm ướt và có thiết kế cho phép bảo trì mà không cần rút cạn bể lớn.