Ο γλιστροκαθαριστής δευτεροβάθμιας καθίζησης, επίσης γνωστός ως καθαριστής τελικού διαυγαστήρα, λειτουργεί σε ένα θεμελιωδώς διαφορετικό περιβάλλον από τον πρωτεύοντα. Η λειτουργία του είναι να διαχωρίζει με επιμέλεια τη βιολογικά επεξεργασμένη ενεργοποιημένη ιλύ από το επεξεργασμένο νερό. Το καθιζημένο υλικό αποτελεί μια εύθραυστη συσσωμάτωση μικροοργανισμών η οποία μπορεί εύκολα να διασπαστεί και να ανασυνδεθεί εάν διαταραχθεί με βίαιο τρόπο. Ως εκ τούτου, ο δευτεροβάθμιος καθαριστής πρέπει να δίνει προτεραιότητα σε απαλή και συνεχή λειτουργία. Ο έλεγχος της ταχύτητας είναι κρίσιμος· πρέπει να κινείται αρκετά αργά ώστε να αποφεύγονται οι ρεύματα που μπορούν να ανυψώσουν τα στερεά, επηρεάζοντας αρνητικά τη διαύγεια του αποχετευόμενου νερού. Συχνά ο σχεδιασμός περιλαμβάνει χαρακτηριστικά όπως βαθιές δοκοί στα βραχίονες συλλογής για να ελαχιστοποιηθεί η επιφανειακή διατάραξη και ειδικά διαμορφωμένες λεπίδες για να εξασφαλιστεί η πλήρης συλλογή χωρίς ανασύνδεση. Ένα μέρος αυτής της συλλεγμένης ιλύος επιστρέφεται στη δεξαμενή αερισμού (Επιστροφή Ενεργοποιημένης Ιλύος - RAS), προκειμένου να διατηρηθεί ο πληθυσμός των μικροοργανισμών, ενώ το πλεόνασμα απομακρύνεται (Απόρριψη Ενεργοποιημένης Ιλύος - WAS). Η ακρίβεια και η αξιοπιστία του γλιστροκαθαριστή δευτεροβάθμιας καθίζησης είναι καθοριστικής σημασίας για ολόκληρη τη διαδικασία της ενεργοποιημένης ιλύος. Η απόδοσή του επηρεάζει άμεσα τη συγκέντρωση των μικροοργανισμών στους βιολογικούς αντιδραστήρες και την ποιότητα του τελικού αποχετευόμενου νερού προς το περιβάλλον. Κάθε βλάβη μπορεί να οδηγήσει σε απώλεια της διεργασίας και σε σημαντικές παραβιάσεις της άδειας λειτουργίας.