مكشاطة الحمأة في خزان الترسيب الثانوي، والمعروفة أيضًا باسم مكشاطة المُصَفّي النهائي، تعمل في بيئة مختلفة جوهريًا عن نظيرتها الأولية. وتتمثل وظيفتها في فصل الحمأة المنشطة المعالجة بيولوجيًا عن المياه المعالجة بشكل لطيف. والمواد المتراكبة عبارة عن كتلة هشة من الكتل العنقودية الدقيقة من الكائنات الدقيقة التي يمكن قصها وإعادة تعليقها بسهولة إذا ما تم إثارتها بعنف. ولذلك، يجب أن تُعطي المكشاطة الثانوية الأولوية للعمل اللطيف والمستمر. ويُعد التحكم في السرعة أمرًا بالغ الأهمية؛ إذ يجب أن تتحرك ببطء كافٍ لتجنب توليد تيارات قد ترفع المواد الصلبة، مما يُضعف صفاء المياه الخارجة. وغالبًا ما يشمل التصميم خصائص مثل عوارض عميقة على أذرع الجامع لتقليل الاضطرابات السطحية وشفرات ذات تشكيل خاص لضمان جمع كامل دون إعادة تعليق. ويتم إعادة جزء من هذه الحمأة المجمعة إلى خزان التهوية (الحمأة المنشطة المرتدة - RAS) للحفاظ على تعداد الكائنات الدقيقة، بينما يتم التخلص من الفائض (الحمأة المنشطة المهدرة - WAS). ويُعد الدقة والموثوقية في مكشاطة الحمأة بخزان الترسيب الثانوي أمراً بالغ الأهمية لعملية الحمأة المنشطة بأكملها. حيث تتحكم أداؤها مباشرةً في تركيز الكائنات الدقيقة داخل المفاعلات البيولوجية وجودة المياه النهائية الخارجة إلى البيئة. ويمكن لأي عطل أن يؤدي إلى فقدان العملية وخرق كبير للترخيص.