Skreper za mulj u sekundarnom taložnom bazenu, također poznat kao skreper za finalno razjašnjavanje, radi u bitno drugačijem okruženju nego njegov primarni prototip. Njegova funkcija je nježno odvojiti biološki obrađeni aktivni mulj od tretirane vode. Talожeni materijal predstavlja krhku flokulastu masu mikroorganizama koja se lako može posjesti i ponovno suspendirati ako dođe do agresivnog poremećaja. Stoga sekundarni skreper mora imati prioritet na nježan i kontinuiran rad. Upravljanje brzinom je kritično; mora se kretati dovoljno sporo da ne stvara struje koje mogu podići čvrste tvari, time ugrožavajući prozirnost istjecanja. Konstrukcija često uključuje elemente poput dubokih rešetki na sakupljačkim rukama kako bi se smanjilo površinsko mućenje te posebno oblikovana sjekala za osiguravanje potpunog sakupljanja bez ponovnog suspenziranja. Dio ovog sakupljenog mulja vraća se u bazen za aeraciju (Return Activated Sludge - RAS) kako bi se održala populacija mikroorganizama, dok se višak odvodi (Waste Activated Sludge - WAS). Preciznost i pouzdanost skrepera za mulj u sekundarnom taložnom bazenu od presudne su važnosti za cijeli proces aktivnog mulja. Njegov rad izravno kontrolira koncentraciju mikroorganizama u biološkim reaktorima te kvalitetu konačnog istjecanja koje se ispušta u okoliš. Bilo kakva kvar može dovesti do ispiranja procesa i značajnih prekršaja dozvola.