A másodlagos ülepítőmedence iszapkaparó, más néven utóülepítő kaparó, alapvetően más környezetben működik, mint elsődleges társa. Feladata a biológiailag kezelt aktivált iszap óvatos szétválasztása a tisztított víztől. A leülepedett anyag egy törékeny, floculált mikroorganizmus-tömeg, amelyet erős zavarás esetén könnyen szétszakít és újra felkeverhet. Ezért a másodlagos kaparónak az óvatos és folyamatos működést kell elsődlegessé tennie. A sebességszabályozás kritikus fontosságú; elegendően lassan kell mozognia ahhoz, hogy elkerülje a szilárd anyagok felemelkedését okozó áramlatok kialakulását, így fenntartva az outflow víz tisztaságát. A tervezés gyakran mély rácsokat tartalmaz a gyűjtőkarokon a felszíni turbulencia minimalizálása érdekében, valamint speciálisan kialakított lapátokat, amelyek biztosítják a teljes begyűjtést az iszap újrafelkeverése nélkül. A begyűjtött iszap egy részét visszavezetik a levegőztető medencébe (Return Activated Sludge – RAS), hogy fenntartsák a mikrobiális populációt, míg a felesleget eltávolítják (Waste Activated Sludge – WAS). A másodlagos ülepítőmedence iszapkaparójának pontossága és megbízhatósága elsődleges jelentőségű az egész aktív iszap eljárásban. Működése közvetlenül befolyásolja a mikroorganizmusok koncentrációját a bioreaktorokban, valamint a környezetbe engedett végső szennyvíz minőségét. Bármilyen hiba folyamatkiesést és súlyos engedélyszegést eredményezhet.