İkincil çökeltme tankı çamur kazıyıcısı, aynı zamanda nihai çöktürücü kazıyıcı olarak da bilinir ve birincil eşdeğeriyle karşılaştırıldığında temelde farklı bir ortamda çalışır. Görevi, biyolojik olarak arıtılmış aktif çamuru, arıtılmış sudan nazikçe ayırmaktır. Çöken malzeme, sert müdahaleler sonucu kolayca kesilip tekrar süspansiyona geçebilen kırılgan mikroorganizma floklarından oluşur. Bu nedenle ikincil kazıyıcı, nazik ve sürekli çalışma prensibini öncelikli hâle getirmelidir. Hız kontrolü çok önemlidir; çıkış suyunun berraklığını tehlikeye atabilecek akımlar oluşturmayacak kadar yavaş hareket etmelidir. Tasarım genellikle yüzeydeki türbülansı en aza indirmek için kolektör kollarındaki derin kafes yapıları ve çamurun yeniden süspansiyona geçmeden tamamen toplanmasını sağlayan özel bıçak konfigürasyonlarını içerir. Toplanan bu çamurun bir kısmı, mikrobiyal popülasyonu korumak amacıyla havalandırma tankına geri döndürülür (Geri Devir Aktif Çamur - RAS) ve fazlası bertaraf edilir (Atık Aktif Çamur - WAS). İkincil çökeltme tankı çamur kazıyıcısının hassasiyeti ve güvenilirliği, tüm aktif çamur prosesinin başarısı açısından hayati öneme sahiptir. Performansı, biyolojik reaktörlerdeki mikroorganizma konsantrasyonunu ve çevreye deşarj edilen nihai çıkış suyu kalitesini doğrudan kontrol eder. Herhangi bir arıza, prosesin yıkılmasına ve önemli izin ihlallerine yol açabilir.