Le racloir de décantation secondaire, également appelé racloir de clarificateur final, fonctionne dans un environnement fondamentalement différent de celui de son homologue primaire. Son rôle consiste à séparer délicatement les boues activées biologiquement traitées de l'eau traitée. Le matériau déposé forme une masse floculeuse fragile constituée de micro-organismes qui peut facilement être cisaillée et remise en suspension si elle est perturbée de manière brutale. Par conséquent, le racloir secondaire doit privilégier un fonctionnement doux et continu. La régulation de la vitesse est cruciale : il doit se déplacer suffisamment lentement pour éviter la création de courants pouvant soulever les matières solides, compromettant ainsi la clarté de l'effluent. La conception inclut souvent des éléments tels que des treillis profonds sur les bras collecteurs afin de minimiser la turbulence de surface, ainsi que des lames spécialement configurées pour assurer une collecte complète sans remise en suspension. Une partie de ces boues collectées est renvoyée vers le bassin d'aération (boues activées de retour - RAS) afin de maintenir la population microbienne, tandis que l'excès est éliminé (boues activées excédentaires - WAS). La précision et la fiabilité du racloir de décantation secondaire sont primordiales pour l'ensemble du procédé des boues activées. Ses performances contrôlent directement la concentration des micro-organismes dans les réacteurs biologiques ainsi que la qualité de l'effluent final rejeté dans l'environnement. Toute panne peut entraîner un lessivage du procédé et des violations importantes des autorisations de rejet.