Skraperi i tretësirës sekondare, i njohur gjithashtu si skrapër përfundimtar, funksionon në një mjedis themelisht të ndryshëm nga ai primar. Funksioni i tij është të ndajë butësisht argjilën e aktivizuar biologjikisht të trajtuar nga uji i pastruar. Materialet e depozituara janë një masë e delikte flokuluese mikroorganizmash që mund të çbrishen dhe të rivendosen lehtësisht nëse shkaktohen pengesa të forta. Prandaj, skraperi sekondar duhet të japë përparsi funksionimit të butë dhe të vazhdueshëm. Kontrolli i shpejtësisë është kritik; ai duhet të lëvizë mjaft ngadalë sa të shmangë krijimin e rrjedhave që mund të ngrisin trupat e ngurtë, duke kompromentuar qartësinë e daljes. Projektimi shpesh përfshin veçori si trushe të thella në krahët mbledhës për të minimizuar turbulencën sipërfaqësore dhe pale speciale për të siguruar mbledhjen e plotë pa rivendosje. Një pjesë e kësaj argjile të mbledhur kthehet në rezervuarin e frymëzimit (Argjila e Aktivizuar e Kthyer - RAS) për të ruajtur popullsinë mikrobike, dhe teprica nxirret jashtë (Argjila e Aktivizuar e Humbur - WAS). Saktësia dhe besueshmëria e skraperit të tretësirës sekondare janë themelore për tërë procesin e argjilës së aktivizuar. Performanca e tij kontrollon drejtpërdrejt koncentrimin e mikroorganizmave në reaktorët biologjikë dhe cilësinë e daljes përfundimtare që derdhet në mjedis. Çdo dështim mund të çojë në humbje procesi dhe shkelje të rëndësishme të lejës.