Penggaruk lumpur tangki sedimentasi sekunder, juga dikenal sebagai penggaruk clarifier akhir, beroperasi dalam lingkungan yang secara mendasar berbeda dibandingkan dengan rekanan primernya. Fungsinya adalah memisahkan lumpur aktif hasil olah biologis dari air olahan secara perlahan. Material yang mengendap merupakan massa flokul yang rapuh dari mikroorganisme yang mudah tergeser dan tersuspensi kembali jika diganggu secara agresif. Oleh karena itu, penggaruk sekunder harus mengutamakan operasi yang lembut dan kontinu. Pengaturan kecepatan sangat penting; alat ini harus bergerak cukup lambat agar tidak menciptakan arus yang dapat mengangkat padatan, sehingga mengganggu kejernihan efluent. Desainnya sering dilengkapi fitur seperti truss yang dalam pada lengan kolektor untuk meminimalkan turbulensi permukaan dan bilah dengan konfigurasi khusus guna memastikan pengumpulan yang lengkap tanpa menyebabkan resuspensi. Sebagian lumpur yang terkumpul dikembalikan ke tangki aerasi (Return Activated Sludge - RAS) untuk mempertahankan populasi mikroba, sedangkan kelebihannya dibuang (Waste Activated Sludge - WAS). Ketepatan dan keandalan penggaruk lumpur tangki sedimentasi sekunder sangat menentukan keseluruhan proses lumpur aktif. Kinerjanya secara langsung mengatur konsentrasi mikroorganisme di dalam reaktor biologis serta kualitas efluent akhir yang dibuang ke lingkungan. Gangguan apa pun dapat menyebabkan pencucian proses dan pelanggaran izin yang signifikan.