Máy cào bùn bể lắng thứ cấp, còn được gọi là máy cào bể lắng cuối cùng, hoạt động trong môi trường về cơ bản khác biệt so với thiết bị ở cấp độ sơ cấp. Chức năng của nó là tách nhẹ nhàng bùn hoạt tính đã được xử lý sinh học ra khỏi nước đã qua xử lý. Vật liệu lắng xuống là một khối keo tụ mảnh, gồm các vi sinh vật dễ bị cắt đứt và cuốn trở lại nếu bị xáo trộn mạnh. Do đó, máy cào thứ cấp phải ưu tiên hoạt động nhẹ nhàng và liên tục. Việc điều khiển tốc độ rất quan trọng; nó phải di chuyển chậm đủ để tránh tạo ra dòng chảy có thể nâng lớp bùn lên, làm ảnh hưởng đến độ trong của nước thải đầu ra. Thiết kế thường bao gồm các dầm giàn gia cường sâu trên cánh tay gom bùn nhằm giảm thiểu sự xáo động bề mặt, cũng như các lưỡi cào được cấu hình đặc biệt để đảm bảo thu gom hoàn toàn mà không gây cuốn bùn trở lại. Một phần bùn thu gom này được hồi lưu về bể aerotank (bùn hoạt tính hồi lưu - RAS) nhằm duy trì quần thể vi sinh vật, phần dư thừa sẽ được loại bỏ (bùn hoạt tính thải - WAS). Độ chính xác và độ tin cậy của máy cào bùn bể lắng thứ cấp là yếu tố then chốt đối với toàn bộ quá trình bùn hoạt tính. Hiệu suất của nó trực tiếp kiểm soát nồng độ vi sinh vật trong các bể phản ứng sinh học và chất lượng nước thải cuối cùng xả ra môi trường. Bất kỳ sự cố nào cũng có thể dẫn đến hiện tượng rửa trôi quy trình và vi phạm nghiêm trọng các điều kiện giấy phép.