เครื่องขูดตะกอนในถังตกตะกอนขั้นที่สอง หรือที่เรียกว่า เครื่องขูดตัวแยกสุดท้าย ทำงานในสภาพแวดล้อมที่แตกต่างอย่างสิ้นเชิงจากเครื่องขูดขั้นปฐมภูมิ หน้าที่ของมันคือการแยกฝุ่นตะกอนที่ผ่านการบำบัดทางชีวภาพ (Activated Sludge) ออกจากน้ำที่ผ่านการบำบัดแล้วอย่างอ่อนโยน วัสดุที่ตกตะกอนลงมาเป็นก้อนฟลอก (flocculent mass) ของจุลินทรีย์ที่มีความเปราะบางและสามารถถูกตัดเฉือนหรือลอยกลับขึ้นมาใหม่ได้ง่ายหากถูกรบกวนอย่างรุนแรง ดังนั้น เครื่องขูดขั้นที่สองจึงต้องให้ความสำคัญกับการทำงานอย่างอ่อนโยนและต่อเนื่อง การควบคุมความเร็วจึงมีความสำคัญอย่างยิ่ง มันจะต้องเคลื่อนที่ช้าพอที่จะไม่สร้างกระแสน้ำซึ่งอาจทำให้อนุภาคแข็งลอยตัวขึ้นมา ส่งผลให้คุณภาพน้ำทิ้งลดลง โดยปกติการออกแบบจะรวมถึงคุณสมบัติต่างๆ เช่น โครงถักลึกบนแขนเก็บตะกอน เพื่อลดการปั่นป่วนผิวหน้า และใบมีดที่ออกแบบพิเศษเพื่อให้มั่นใจว่าสามารถเก็บตะกอนได้อย่างสมบูรณ์โดยไม่ทำให้เกิดการลอยตัวซ้ำ ส่วนหนึ่งของตะกอนที่รวบรวมได้นี้จะถูกส่งกลับไปยังถังเติมอากาศ (Return Activated Sludge - RAS) เพื่อรักษาระดับประชากรของจุลินทรีย์ ส่วนที่เกินจะถูกกำจัดออกไป (Waste Activated Sludge - WAS) ความแม่นยำและความน่าเชื่อถือของเครื่องขูดตะกอนในถังตกตะกอนขั้นที่สองมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อกระบวนการบำบัดแบบแอคทีเวทสลัดจ์ทั้งระบบ ประสิทธิภาพของมันควบคุมโดยตรงต่อความเข้มข้นของจุลินทรีย์ในถังปฏิกิริยาทางชีวภาพ และคุณภาพของน้ำทิ้งสุดท้ายที่ปล่อยออกสู่สิ่งแวดล้อม การขัดข้องใดๆ อาจนำไปสู่การชะล้างระบบ (process washout) และการละเมิดข้อกำหนดตามใบอนุญาตอย่างรุนแรง