Otrās pakāpes nogulsnes baseina dūņu skrāpējs, ko sauc arī par pēdējās attīrīšanas skrāpēju, darbojas būtiski atšķirīgā vidē nekā tā primārais līdzvērtīgais. Tā funkcija ir maigi atdalīt bioloģiski apstrādāto aktīvo dūņu masu no attīrītā ūdens. Saskrāpētais materiāls ir trausla mikroorganismu flocēta masa, kas viegli tiek saskaldīta un atkal uzsūknēta, ja tiek traucēta agresīvi. Tāpēc otrās pakāpes skrāpējam jābūt maigai un nepārtrauktai darbībai. Ātruma regulēšana ir kritiska; tam jāpārvietojas pietiekami lēni, lai neradītu straumes, kas var pacelt cietās daļiņas, kaitējot notekūdeņu skaidrībai. Konstrukcijā bieži iekļauti elementi, piemēram, dziļas režģa konstrukcijas uz savācējrokām, lai minimizētu virsmas turbulenci, un speciāli izveidotas asis, lai nodrošinātu pilnīgu savākšanu bez atkārtotas uzsūknēšanas. Daļa šīs savāktās dūņu masas tiek atgriezta aerācijas tankā (atgrieztās aktīvās dūņas - RAS), lai uzturētu mikrobiālo populāciju, bet pārējā daļa tiek novākta (lieelās aktīvās dūņas - WAS). Otrās pakāpes nogulsnes baseina dūņu skrāpēja precizitāte un uzticamība ir augstākā nozīmē visam aktīvo dūņu procesam. Tā darbība tieši nosaka mikroorganismu koncentrāciju bioloģiskajos reaktoros un gala notekūdeņu kvalitāti, kas tiek izlaista vides apkārtējā vidē. Jebkura atteice var izraisīt procesa izskalošanu un nopietnas atļaujas pārkāpumus.