Toissijainen sedimentaatiokaivon mutakara, jota kutsutaan myös lopulliseksi selkeyttimellä, toimii peruskaivon vastineeseen nähden perustavanlaatuisesti erilaisessa ympäristössä. Sen tehtävänä on varovasti erottaa biologisesti käsitelty aktiivisite kohtuuhajautetusta vedestä. Pohjalle laskeutunut materiaali muodostuu haurasta mikro-organismien flokkiaineesta, joka helposti hajoaa ja uudelleenlevitä, jos sitä häiritään voimakkaasti. Siksi toissijaisen karannin on priorisoitava varovainen ja jatkuva toiminta. Nopeudensäätö on kriittistä; sen on liikuttava tarpeeksi hitaasti, ettei aiheuteta virtauksia, jotka voivat nostaa kiintoaineita, heikentäen jäteveden selkeyttä. Rakenne sisältää usein ominaisuuksia, kuten syvät poikkilankat keräyskäsissä pinnan turbulenssin minimoimiseksi ja erityisesti muotoillut terät, jotka varmistavat täydellisen keruun ilman uudelleenlevämistä. Tästä kerätyistä sieteistä osa palautetaan ilmastuskaivoon (Return Activated Sludge - RAS) ylläpitämään mikrobi-populaatiota, ja ylijäämä poistetaan (Waste Activated Sludge - WAS). Toissijaisen sedimentaatiokaivon mutakaran tarkkuus ja luotettavuus ovat ratkaisevan tärkeitä koko aktiivisitesprosessille. Sen suorituskyky määrittää suoraan mikro-organismien pitoisuuden biologisissa reaktoreissa sekä lopullisen jäteveden laadun, joka päästetään ympäristöön. Mikä tahansa vika voi johtaa prosessin huuhdottumiseen ja merkittäviin lupaehtojen rikkomisiin.