Скребер за муљ у секундарном таложнику, познат и као скребер за финално чишћење, ради у суштински другачијем окружењу него свој примарни одговарајући део. Његова функција је деликатно раздвајање биолошки обрађеног активног муља од очишћене воде. Седиментовани материјал чини крхка флокулентна маса микроорганизама која се лако може исећи и поново суспендовати ако дође до интензивних поремећаја. Стога, скреберу у секундарном таложнику мора бити дат приоритет нежног и непрекидног рада. Контрола брзине је од критичног значаја; мора се кретати довољно споро да не би стварао струјања која могу подизати честице и тако угрозити прозирност испуштене воде. Конструкција често укључује елементе попут дубоких решетки на збирним краковима како би се минимизирао површински талас и посебно обликована оштрица како би се осигурала потпуна колекција без поновне суспензије. Део овог прикупљеног муља се враћа у резервоар за аерацију (Return Activated Sludge - RAS) како би се одржала популација микроорганизама, док вишак отпада (Waste Activated Sludge - WAS). Прецизност и поузданост скребера за муљ у секундарном таложнику имају пресудну важност за цео процес активног муља. Његов рад директно контролише концентрацију микроорганизама у биолошким реакторима и квалитет финалне испуштене воде у животну средину. Било какав квар може довести до промаје процеса и значајних прекршаја дозвола.