이차 침전조 슬러지 긁개는 최종 정지기(최종 침전조) 긁개라고도 하며, 일차 슬러지 긁개와는 근본적으로 다른 환경에서 작동한다. 그 기능은 생물학적으로 처리된 활성 슬러지를 처리수로부터 부드럽게 분리하는 것이다. 침전된 물질은 미생물로 이루어진 약한 응집 덩어리로서, 과도하게 교반될 경우 쉽게 전단되어 다시 부유될 수 있다. 따라서 이차 긁개는 부드럽고 지속적인 작동을 우선시해야 한다. 속도 조절이 매우 중요하며, 고형물을 들어올리는 흐름을 발생시키지 않을 정도로 충분히 느리게 움직여야 하며, 그렇지 않으면 방류수의 투명도가 저하될 수 있다. 설계상으로는 수집 암에 깊은 트러스를 적용하여 표면 난류를 최소화하고, 재부유 없이 완전한 슬러지 수집이 가능하도록 특수하게 구성된 블레이드를 포함하는 경우가 많다. 이렇게 수집된 슬러지의 일부는 폭기조로 되돌려 보내져(RAS, Return Activated Sludge) 미생물 집단을 유지하며, 나머지 과잉 슬러지는 폐기(WAS, Waste Activated Sludge)된다. 이차 침전조 슬러지 긁개의 정밀성과 신뢰성은 전체 활성 슬러지 공정에 있어 매우 중요하다. 이 장비의 성능은 생물 반응조 내 미생물 농도와 환경으로 배출되는 최종 방류수의 질을 직접적으로 결정한다. 고장이 발생할 경우 공정의 세척 현상(washout)이 일어나고, 중대한 허가 위반으로 이어질 수 있다.